Có hiệu lực từ ngày 01/07/2025, Việt Nam áp dụng một loạt thay đổi quan trọng đối với khung pháp lý về Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) thông qua Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 69/2025/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành. Các quy định này đồng thời hoàn thiện phương pháp tính thuế GTGT, làm rõ điều kiện hoàn thuế, siết chặt các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời hướng dẫn chi tiết hơn đối với các giao dịch có yếu tố nước ngoài và hoạt động xuất khẩu.

Xét tổng thể, Nghị định và Thông tư phản ánh nỗ lực liên tục của Chính phủ trong việc nâng cao tính minh bạch của chính sách thuế, giảm thiểu sự thiếu thống nhất trong việc áp dụng thuế GTGT và tăng cường quản lý tuân thủ trong bối cảnh các giao dịch xuyên biên giới và mô hình kinh doanh số ngày càng phát triển. Các doanh nghiệp hoạt động tại Việt Nam, bao gồm cả doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), cần rà soát kỹ những thay đổi này để bảo đảm triển khai kịp thời và chính xác.

Hoàn thiện phương pháp tính thuế GTGT theo tỷ lệ %

Một trong những nội dung trọng tâm của các quy định mới là phương pháp tính thuế GTGT theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu, vốn tiếp tục được áp dụng chủ yếu đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và một số đối tượng không áp dụng phương pháp khấu trừ.

Thông tư số 69 bổ sung Phụ lục I, trong đó phân loại rõ các hoạt động áp dụng các mức tỷ lệ thuế GTGT khác nhau. Đáng chú ý, quy định mới phân biệt rõ giữa hoạt động thương mại và hoạt động cung cấp dịch vụ, đồng thời làm rõ cách xử lý đối với các hoạt động thương mại phụ trợ như chương trình khuyến mại, chiết khấu thương mại và hoạt động hỗ trợ khách hàng.

Mức thuế GTGT áp dụng theo phương pháp tính theo tỷ lệ

Tỷ lệ thuế GTGT	Hoạt động áp dụng
1%	Hoạt động bán buôn, bán lẻ hàng hóa (không bao gồm hoạt động đại lý bán đúng giá hưởng hoa hồng); các khoản thưởng bán hàng, chiết khấu thương mại và hoạt động hỗ trợ khách hàng.
5%	Mười lăm nhóm dịch vụ, bao gồm tư vấn pháp lý, kế toán, kiểm toán và các dịch vụ chuyên môn khác.

So với các hướng dẫn trước đây, khung quy định mới mang lại sự rõ ràng hơn khi liệt kê cụ thể các nhóm dịch vụ thuộc diện áp dụng mức thuế 5%. Sự phân định này phản ánh định hướng của cơ quan thuế trong việc điều chỉnh chính sách thuế GTGT phù hợp hơn với đặc điểm tạo ra giá trị gia tăng của các dịch vụ tư vấn và dịch vụ chuyên môn, vốn thường có biên lợi nhuận cao hơn và mức thuế GTGT đầu vào thấp hơn.

Đối với các doanh nghiệp đang chuyển đổi giữa các phương pháp tính thuế hoặc đồng thời thực hiện nhiều loại hình hoạt động, việc phân loại chính xác từng nguồn doanh thu sẽ đóng vai trò quan trọng nhằm tránh áp dụng sai mức thuế GTGT và hạn chế nguy cơ bị cơ quan thuế truy thu hoặc điều chỉnh nghĩa vụ thuế.

Tăng cường cơ chế hoàn thuế GTGT

Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu

Nghị định số 181 và Thông tư số 69 tiếp tục khẳng định nguyên tắc hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT, đồng thời áp dụng cách tiếp cận dựa trên bản chất giao dịch khi xác định số thuế được hoàn. Theo Phụ lục II, số thuế GTGT được hoàn hiện phải được tính toán dựa trên tỷ lệ hàng hóa thực tế xuất khẩu, thay vì chỉ căn cứ vào số liệu kê khai như trước.

Thay đổi này nhằm khắc phục những rủi ro từng phát sinh khi doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế không tương xứng với khối lượng hàng hóa xuất khẩu thực tế. Do đó, các doanh nghiệp định hướng xuất khẩu cần bảo đảm sự thống nhất và khả năng truy xuất giữa hồ sơ hải quan, chứng từ logistics và tài liệu bán hàng để đáp ứng yêu cầu hoàn thuế theo quy định mới.

Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa và dịch vụ áp dụng thuế suất 5%

Đối với doanh nghiệp sản xuất hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất GTGT 5%, Phụ lục III đã quy định rõ hơn về ngưỡng được hoàn thuế. Theo đó, doanh nghiệp được đề nghị hoàn thuế khi số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ đạt từ 300 triệu đồng trở lên sau thời gian liên tục 12 tháng.

Quy định này mang lại tính dự báo cao hơn cho các doanh nghiệp có chu kỳ sản xuất hoặc cung ứng dịch vụ kéo dài, đặc biệt trong những lĩnh vực mà thuế GTGT đầu vào tích lũy lớn nhưng thuế GTGT đầu ra ở mức thấp. Đồng thời, quy định cũng góp phần hạn chế tình trạng đề nghị hoàn thuế nhỏ lẻ hoặc trong thời gian ngắn, phù hợp với mục tiêu nâng cao hiệu quả quản lý hành chính.

Yêu cầu về hồ sơ đối với khoản thuế GTGT nộp thay cho nhà cung cấp nước ngoài

Một điểm làm rõ đáng chú ý liên quan đến nghĩa vụ tuân thủ là trường hợp tổ chức tại Việt Nam thực hiện nộp thuế GTGT thay cho nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, tình huống thường gặp trong các giao dịch cung cấp dịch vụ xuyên biên giới.

Theo quy định mới, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu có đầy đủ chứng từ hợp lệ chứng minh việc đã nộp thuế thay cho nhà cung cấp nước ngoài. Quy định này cho thấy cơ quan thuế đang tăng cường yêu cầu về tính đầy đủ và minh bạch của hồ sơ trong việc quản lý thuế nhà thầu nước ngoài.

Các doanh nghiệp sử dụng dịch vụ của chuyên gia tư vấn nước ngoài, nhà cung cấp dịch vụ số hoặc các nền tảng xuyên biên giới cần bảo đảm hồ sơ nộp thuế được lưu giữ đầy đủ và thống nhất với các điều khoản trong hợp đồng. Việc không đáp ứng yêu cầu này có thể khiến doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, qua đó làm gia tăng chi phí thuế.

Áp dụng thuế suất GTGT 0% đối với hàng hóa và dịch vụ xuất khẩu

Việc áp dụng thuế suất GTGT 0% tiếp tục là một trong những chính sách trọng tâm của hệ thống thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu tại Việt Nam. Tuy nhiên, Nghị định số 181 và Thông tư số 69 một lần nữa khẳng định rằng việc áp dụng thuế suất 0% chỉ được chấp nhận khi doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về hồ sơ, chứng từ theo quy định.

Các chứng từ này thường bao gồm:

• Hợp đồng xuất khẩu;
• Chứng từ vận tải quốc tế;
• Tờ khai hải quan; và
• Chứng từ thanh toán phù hợp với quy định về quản lý ngoại hối.

Việc tiếp tục nhấn mạnh các yêu cầu trên cho thấy hoạt động kiểm tra, thanh tra thuế trong lĩnh vực này vẫn sẽ được duy trì ở mức cao. Do đó, doanh nghiệp không nên coi thuế suất 0% là quyền lợi đương nhiên mà cần xem đây là chính sách ưu đãi chỉ được áp dụng khi đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn về hồ sơ chứng minh.

Làm rõ các giao dịch không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT: Chuyển nhượng vốn

Các quy định mới đã hướng dẫn rõ hơn đối với giao dịch chuyển nhượng vốn, khẳng định rằng các giao dịch này không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, phạm vi áp dụng được xác định rõ và không bao gồm:

• Chuyển nhượng dự án đầu tư; và
• Bán tài sản.

Sự phân định này giúp giải quyết những vướng mắc từng phát sinh trong thực tiễn đối với các giao dịch tái cấu trúc doanh nghiệp. Theo đó, việc chuyển nhượng phần vốn góp hoặc quyền sở hữu vốn vẫn nằm ngoài phạm vi điều chỉnh của thuế GTGT, trong khi việc chuyển nhượng tài sản hoặc toàn bộ dự án đầu tư vẫn có thể phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT tùy theo bản chất của giao dịch.

Các doanh nghiệp tham gia hoạt động mua bán và sáp nhập (M&A) hoặc tái cấu trúc nội bộ cần đánh giá kỹ cấu trúc giao dịch để xác định đúng nghĩa vụ thuế GTGT, qua đó tránh những hệ quả thuế ngoài dự kiến.

Siết chặt nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Giảm ngưỡng thanh toán bằng tiền mặt

Một trong những thay đổi đáng chú ý nhằm tăng cường quản lý tuân thủ theo Nghị định số 181 là việc giảm ngưỡng thanh toán bằng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào xuống còn 5 triệu đồng (đã bao gồm thuế GTGT).

Theo đó, đối với các hóa đơn có giá trị trên 5 triệu đồng, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt nếu muốn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Việc hạ thấp ngưỡng này phản ánh chủ trương thúc đẩy thanh toán không dùng tiền mặt và tăng cường khả năng truy vết các giao dịch của Chính phủ.

Tuân thủ quy định về thanh toán không dùng tiền mặt

Các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt phải đáp ứng các quy định tại Nghị định số 52/2024, văn bản quy định về các phương thức thanh toán điện tử và thanh toán qua ngân hàng được chấp nhận. Doanh nghiệp cần rà soát các quy trình thanh toán nội bộ, bao gồm hoạt động thanh toán qua tài khoản ngân hàng doanh nghiệp và quy trình hoàn ứng chi phí, để bảo đảm phù hợp với các yêu cầu này.

Việc không tuân thủ quy định về thanh toán không dùng tiền mặt có thể dẫn đến việc không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, ngay cả khi giao dịch mua bán là có thật và đáp ứng đầy đủ các điều kiện kinh doanh khác.

Điều kiện hoàn thuế GTGT gắn với việc tuân thủ quy định về hóa đơn

Một quy định đáng chú ý khác yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế GTGT đối với các hóa đơn đã phát hành trong trường hợp bên mua sau đó thực hiện thủ tục đề nghị hoàn thuế GTGT. Quy định này nhằm bảo đảm tính thống nhất giữa việc kê khai thuế GTGT đầu ra và hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong toàn bộ chuỗi giao dịch.

Trên thực tế, quy định này đặt ra yêu cầu cao hơn về sự phối hợp giữa bên mua và bên bán, đặc biệt đối với các giao dịch xuất khẩu và các hợp đồng cung ứng dài hạn. Doanh nghiệp cần rà soát các điều khoản hợp đồng để chủ động quản lý những rủi ro liên quan đến thời điểm lập hóa đơn và kê khai thuế GTGT.

Tác động thực tiễn đối với doanh nghiệp tại Việt Nam

Tổng thể, Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 69/2025/TT-BTC đã thiết lập một khung pháp lý về thuế GTGT chi tiết, chặt chẽ và định hướng mạnh hơn vào yêu cầu tuân thủ. Mặc dù các quy định mới không làm thay đổi căn bản hệ thống thuế GTGT của Việt Nam, chúng góp phần thu hẹp đáng kể những khoảng trống trong quy định trước đây vốn là nguyên nhân dẫn đến việc áp dụng thiếu thống nhất và phát sinh tranh chấp.

Đối với doanh nghiệp trong nước, các ưu tiên chính bao gồm:

• Rà soát lại phương pháp tính thuế GTGT và mức thuế suất áp dụng;
• Đánh giá điều kiện được hoàn thuế và mức độ sẵn sàng của hồ sơ, chứng từ; và
• Cập nhật quy trình thanh toán để đáp ứng các điều kiện khắt khe hơn về khấu trừ thuế GTGT.

Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), cần đặc biệt lưu ý:

• Các giao dịch cung cấp dịch vụ xuyên biên giới và nghĩa vụ nộp thuế thay cho nhà cung cấp nước ngoài;
• Hồ sơ chứng minh điều kiện áp dụng thuế suất GTGT 0% đối với hoạt động xuất khẩu; và
• Cấu trúc giao dịch trong các hoạt động chuyển nhượng vốn và tái cơ cấu doanh nghiệp.

Khuyến nghị dành cho doanh nghiệp

Trước những thay đổi nêu trên, doanh nghiệp nên chủ động:

• Thực hiện rà soát nội bộ về tuân thủ thuế GTGT, bao gồm quy trình lập hóa đơn, phương thức thanh toán và thủ tục hoàn thuế;
• Cập nhật hệ thống kế toán và hệ thống ERP để phản ánh các ngưỡng giá trị và quy tắc phân loại mới;
• Đào tạo đội ngũ kế toán và thuế về các quy định sửa đổi liên quan đến hoàn thuế và khấu trừ thuế GTGT; và
• Tham vấn các đơn vị tư vấn chuyên môn khi thực hiện các giao dịch phức tạp liên quan đến xuất khẩu hoặc đối tác nước ngoài.

Kết luận

Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 69/2025/TT-BTC thể hiện nỗ lực đồng bộ của Chính phủ trong việc hiện đại hóa và tăng cường hiệu quả quản lý thuế GTGT tại Việt Nam kể từ ngày 01/07/2025. Thông qua việc làm rõ phương pháp tính thuế, siết chặt điều kiện khấu trừ và hoàn thuế, đồng thời nâng cao yêu cầu về hồ sơ, chứng từ, các quy định mới hướng tới mục tiêu cân bằng giữa việc tạo thuận lợi cho người nộp thuế và tăng cường quản lý rủi ro thuế.

Các doanh nghiệp chủ động thích ứng với những thay đổi này sẽ có vị thế thuận lợi hơn trong việc kiểm soát rủi ro tuân thủ, tối ưu hóa dòng tiền và duy trì hoạt động ổn định trong bối cảnh hệ thống thuế của Việt Nam đang tiếp tục hoàn thiện và phát triển.